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En la comarca encontramos, principalmente, Zonas de Especial Protección para las Aves (ZEPAS) y Lugares de Interés Comunitario (LIC) que con la puesta en marcha de la Red Natura 2000 pasarán a constituirse como Zonas de Especial Protección.
Llanuras de Oropesa, Lagartera y Calera y Chozas
Se trata de una zona de pastizales anuales y baldíos que cuenta con una alta riqueza en avifauna esteparia como la avutarda o el sisón. También aparece vegetación riparia junto a los ríos y arroyos y restos de dehesas. Es una zona que se propone como LIC, al contar con hábitat incluidos en la Directiva 92/43/CEE y como ZEPA por la presencia de aves incluidas en la Directiva 79/409/CEE.
Mina de la Nava de Ricomalillo
Se propone como LIC por tratarse de un refugio de invernada de varias especies de Quirópteros que se encuentran incluidos en el listado de especies de la directiva 92/43/CEE.
Ríos del margen izquierdo del Tajo y berrocal de Aldeanueva de Barbarroya
De la zona de la Vía Verde se incluyen el río Uso y el río Frío desde su nacimiento en la Sierra de Sevilleja hasta el embalse de Azután, así como el berrocal de Aldeanueva de Barbarroya. Los cauces fluviales de estos ríos en su tramo alto forman cañones en los que habitan aves rupícolas de interés y otras especies piscícolas y de reptiles. Las formaciones vegetales acompañantes también son de interés medioambiental. Respecto al berrocal de Aldeanueva de Barbarroya se trata de un ejemplo bien conservado de este tipo de formaciones geomorfológicas.
Río Tajo en Castrejón, islas de Malpica de Tajo y Azután
El embalse de Azután entra en este LIC por poseer hábitat palustres, formaciones riparias y cortados en los que habitan aves catalogadas como amenazadas, alberga importantes colonias de nidificación de Martinete, Garceta común o Garcilla bueyera, e importantes dormideros en época de invernada de Cormorán común.. Se considera que los usos recreativos actuales son adecuados para conservar sus características medioambientales. Dentro de la Red Natura esta zona se propone como LIC por poseer hábitat de interés y como ZEPA y por poseer especies incluidas en el Anexo I de la Directiva Aves.
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